熒光定量PCR儀所用到的實時熒光定量PCR技術是通過對PCR擴增反應中每一個循環產物熒光信號的實時檢測，而實現對起始模板定量及定性分析的目的。在實時熒光定量PCR反應中，引入了一種熒光化學物質，隨著PCR反應的進行，PCR反應產物不斷累計，熒光信號強度也等比例增加。每經過一個循環，收集一個熒光強度信號，這樣就可以通過熒光強度變化監測產物量的變化，從而得到一條熒光擴增曲線圖，達到監測PCR產物擴增量的目的。

　　一般而言，熒光擴增曲線可以分成三個階段：熒光背景信號階段、熒光信號指數擴增階段和平臺期。在熒光背景信號階段，擴增的熒光信號被熒光背景信號所掩蓋，無法判斷產物量的變化；而在平臺期，擴增產物已不再呈指數級增加，PCR的終產物量與起始模板量之間沒有線性關系，因此根據最終的PCR產物量不能計算出起始DNA拷貝數。只有在熒光信號指數擴增階段，PCR產物量的對數值與起始模板量之間存在線性關系，故選擇該階段進行定量分析。為了較方便的進行DNA拷貝數的定量，在實時熒光定量PCR技術中引入了三個非常重要的概念：基線、熒光閾值和Ct值。

　　熒光定量PCR儀的實時熒光定量PCR技術是DNA定量技術的一次飛躍。運用該項技術我們可以對DNA、RNA樣品進行定量和定性分析。定量分析包括絕對定量分析和相對定量分析。前者可以得到某個樣本中基因的拷貝數和濃度；后者可以對不同方式處理的兩個樣本中的基因表達水平進行比較。