熒光定量PCR儀，由熒光定量系統和計算機組成，用來監測循環過程的熒光。與實時設備相連的計算機收集熒光數據。數據通過開發的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數據被繪制成熒光強度相對于循環數的圖表。原始數據收集后可以開始分析。實時設備的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數據的水平。

　　在qPCR進程中，隨著產物的積累，熒光信號的強度等比加強。每經過一次循環，收集一次熒光信號，即可得到一個熒光擴增曲線，根據熒光強度的變化即可監測產物量的變化。熒光擴增曲線可分為三個階段，即熒光背景信號階段、熒光信號指數擴增階段和平臺期。在熒光信號指數擴增階段，PCR產物量的對數值與起始模板量之間存在線性關系，因此可以在該階段進行定量分析。為了便于對所檢測樣本進行比較，在指數期需要設定一個熒光信號的閾值。檢測到的熒光信號超過閾值則被認為是真正的信號。熒光信號由本底進入指數增長階段的閾值所對應的循環次數稱為Ct值。模板的Ct值與其起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越多，則Ct值越小利用已知起始拷貝數的標準品及其相應的Ct值可繪制出標準曲線，測得未知樣品的Ct值后，根據標準曲線便可準確計算出該樣品的起始拷貝數。